Progressivamente, soprattutto dove si studiava biologia, comincia a filtrare nelle università l'opera aristotelica.
Le opere di questo filosofo giungono in Europa attraverso due itinerari:
Nel 1260 e negli anni seguenti l'influenza dei testi scientifici è maggiore ad Oxford (De Corruptione, De Generatione, De Coelo, De Sensu et Sensatu). A Parigi ha più influenza la dialettica e Aristotele viene considerato autore di logica. I testi di Aristotele che riguardano questa disciplina arrivano a Parigi quasi per intero. Pietro Ispano scrive le Summulae Logicales (compendi di logica), che vengono usate nelle università e diventano il manuale di logica più diffuso in occidente. Lo studio della logica modificherà il modo di fare lezione e darà spazio alla discussione (disputatio). Questa si basa sulla divisione delle opinioni in favorevoli e contrarie (Topici).
La prima, in un momento in cui la Chiesa aveva la supremazia morale e culturale, era la più importante. Quella delle Arti era la più umile, anche se spesso aveva una funzione propedeutica, consisteva cioè in un primo approccio all'università e doveva preparare alle altre tre facoltà. Medicina e diritto sono quelle intermedie, più o meno sullo stesso piano. La facoltà di teologia, che ha il maggior appoggio della Chiesa, è spesso in conflitto con gli artistae (studenti e insegnanti della facoltà delle Arti). La subordinazione della ragione alla fede corrisponde a quella della facoltà delle Arti nei confronti di quella teologica.
Ogni università ha una sua specializzazione: ad esempio Parigi è specializzata in teologia (la cattedra è detenuta dai Francescani ), Bologna in diritto e Napoli in medicina.
I domenicani si specializzano nella traduzione dall'arabo al latino del Corpus Aristotelicum, cercando di dimostrare la cristianizzazione di Aristotele, con l'unione della rivelazione cristiana, la fede, alla ragione aristotelica, che non si può spingere oltre un certo limite. I domenicani considerano solo alcune parti di Aristotele, come ad esempio la logica e la divisione delle scienze. I francescani invece rifiutano totalmente le teorie aristiteliche e contestano il fatto che le sue opere siano tutte unite e indivisibili. E' necessario purgare i testi aristotelici dalle numerose introduzioni arabe (teologia neoplatonica). Questa operazione viene fatta da Guglielmo di Moerbecke che traduce per Tommaso d'Aquino il Corpus Aristotelicum e anche commenti greci di Aristotele, tra i quali quelli di Alessandro di Afrodisia. I traduttori arabi sono osteggiati dalla Chiesa.
Precedentemente anche gli arabi integralisti avevano osteggiato Aristotele e un filosofo arabo, Averroè, aveva stabilito il rapporto fra logica e fede, con la supremazia di quest'ultima quando le due sono in contrasto.
Nella penisola appare anche come medico e psicologo. Si interessano di questo soprattutto medici, notai e avvocati, farmacisti che hanno come hobby comune il componimento di poesie. Questi consultano i testi aristotelici riguardo l'amore analizzato sotto il punto di vista fisico e psicologico. Uno dei personaggi che si occupa dell'amore è Andrea Capellano, teorico dell'amore provenzale. Contemporaneamente arriva il Corpus Aristotelicum filtrato, nelle versioni per giuristi, medici e poeti. Nella versione per giuristi e medici il centro è il sommo bene, mentre in quella per poeti è l'amore, che verrà rielaborato con il De Amore di Andrea Capellano. Per questa sua concezione dell'amore verrà condannato dalla Chiesa. Verranno condannati (1270-1277) anche alcuni filosofi come Boezio di Dacia e Tommaso d'Aquino e poeti stilnovisti come Cavalcanti, accusati dalla Chiesa per la loro interpretazione dell'anima, che va contro la tesi propria del Cristianesimo ("Ognuno ha la propria anima").
La concezione di coloro che vengono considerati eretici deriva da quella di Averroè, che affronta il problema: "Cosa è il pensiero?". Egli è convinto che il pensiero che sta nell'uomo sia qualcosa di divino, perché viene dall'esterno, dal posto dove c'è Dio. Il pensiero si ferma nell'uomo per tutta la sua vita e alla sua morte torna allo stato originale. La peculiarità della divinità dell'anima riguarda l'intelletto attivo, non quello passivo.
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